反渗透装置运行一段时间后，水中的污染物会结垢，对RO膜系统产生影响。结垢会导致膜阻塞、膜通量减小、脱盐效率下降和渗透压增大。如果不及时进行水垢清洗处理，膜表面的盐水会形成浓差极化，导致盐份析出晶体。当膜的表面溶液浓度不断增高，水流达到一定平衡度时，会出现晶核并开始成长，最终形成面或螺旋状态。一旦温度合适且溶蚀物质不多时，晶核会成长变成晶体，沉积在膜元件表面形成紧固的水垢。大面积的膜结垢会导致RO装置瘫痪，同时晶体尖锐的棱角在积累长大过程中很容易造成膜表面的划伤，缩短膜的使用寿命。因此，必须在水垢产生初期进行RO反渗透膜系统的水垢清洗工作。不同垢质所使用的反渗透膜清洗剂及其用法也不同。

此外，微生物会在反渗透膜元件表面形成生物粘泥、藻类和真菌等，严重时造成膜阻塞。同时，细菌会对醋纤维素膜造成侵蚀。为了解决生物污染，需要使用专门的GJ-反渗透膜杀菌灭藻剂。清洗时按保有水量投加500-1000mg/L，浸泡24小时以上，能够杀灭细菌并使这些生物污染分散剥离。

接下来，需要清除RO反渗透膜和超滤膜的水垢硬垢。这些硬垢是由于未采取足够措施或者采取的措施不当而造成的沉淀物的沉积，多为碳酸垢、硫酸垢及硅垢等。这些水垢比较坚硬，极难去除，需要使用专门的GJ反渗透膜水垢清洗剂进行化学清洗。在使用时加入总水容量的15-20%，测PH值为2-3为易，循环清洗或浸泡清洗6-12小时，期间应监测PH值，使PH值稳定在2-3范围内，待硬垢完全分解后，即可用清水清洗，完成硬垢清洗。

不要以为硬垢清洗完成，RO反渗透膜清洗步骤就算完成了。此时反渗透膜系统还存在着一种胶体沉积垢，它是由金属氧化物和其它各种胶体造成的。只有把这种无机胶体垢清除了，才算是完成了反渗透膜水垢清洗的全过程，才算是彻底清洗干净了，才能还原膜性能的初始状态。所以需要使用GJ-反渗透膜无机胶体清洗剂来清除这种胶体垢的污染。

完成以上步骤后，反渗透膜系统水垢已基本清除。为了延缓或抑制水垢的生成并延长膜的使用寿命，需要进行反渗透膜系统水处理，日常投加专用的水处理药剂。